当申请已经受理后，立即在官方公报上发布公告；然后接受DUS测试。由审查者决定DUS测试的方法并筛选类似的品种。DUS测试主要有三种方式：1）通过栽培试验进行。栽培试验主要是由国家种子种苗中心进行，申请品种应该和与它们进行比较的其它植物在一起栽培。2）以实地考察的方式进行。如果审查员判断申请人具备足够的能力进行栽培试验，则应该书面通知申请人将申请品种与相关品种在一起栽培。然后，审查员与相关专家一起，在申请品种生长的适当时间去考察和审查，并请专家作出评论。3）以文件审查的方式进行。如果申请品种是由国家研究院培育的，并且与品种相关的申请资料是充分和可靠的，审查员也可以仅仅根据申请文件进行审查。但是并不是来自国家研究院的所有品种仅根据申请文件进行审查即可。

　　上面提到的三种审查方式的比例在1999年分别约为41%、55%和4%。

　　审查内容还包括申请品种的名称。如果品种名称不合适，则要求申请人另取一个名称。如果在指定的期限内，申请人没有变更品种名称，则应该驳回其申请。

　　如果在递交申请的申请日之前，品种在日本销售不超过一年，或国外不超过4年，木本植物不超过6年，应视申请品种具备新颖性。审查员根据申请人的声明、电子邮件目录、第三方的信息，与相关专家一道审查申请品种是否满足新颖性的条件。

　　如果申请品种完全符合注册条件，农林水产省将予以注册，以品种注册的形式授予植物育种者权利（PBR）。在贸易过程中，植物育种者权利的持有人享有使用注册品种的专有权利。

　　植物育种权利的保护期限从注册之日起计算，非木本植物为20年，木本植物为25年。

　　育种者权利的持有人应缴纳注册费。从品种注册公布之日起30天内缴纳第一年的注册费，于第二年的登记日之前缴纳第二年的费用，以后的各年度费用缴纳时间相同。在规定的保护期限届满前，即使没有支付第二年及其以后的注册费，权利持有人也可在期限届满后6个月内缴纳注册费和与注册费同样数量的罚款。缴费年度及费用如下：

　　　　　　　　　　　　注册(年)　　　　　　　　　　　　　年费

　　　　　　　　　　　　　1-3　　　　　　　　　　　　　6，000日元

　　　　　　　　　　　　　4-6　　　　　　　　　　　　　9，000日元

　　　　　　　　　　　　　7-9　　　　　　　　　　　　　18，000日元

　　　　　　　　　　　　　10-25　　　　　　　　　　　　36，000日元

　　农林水产省有权驳回申请。遇下述情况，将驳回的理由通知申请人，并给予其陈述意见的机会。此后，如果该理由仍成立，申请仍将被驳回：

　　* 品种不满足注册的条件；
　　* 申请人没有正当的理由而且未按照规定递交材料或改变品种名称；
　　* 申请人没有正当理由拒绝，实地考察。

　　最终通过审查的品种经注册后予以公告。注册内容包括品种名称、植物的特征特性、育种者权利持有人的姓名和住址、权利期限等；此外，也在官方公报或网站上公告。

　　种子种苗课已建立了日本植物品种保护网站（http://www.hinsyu.maff.go.jp/）。该网站包括与日本植物品种申请及注册有关的官方公报、申请品种与注册品种数据库、《种子法》文本、相关法规和申请表格的电子表格形式。